구글검색을 해 보니
apple fork 파일 때문에 발생하는 현상이라고 합니다.

참고 URL
https://forums.modx.com/index.php?action=thread&thread=52047&i=1

해결방법은 조금 더 테스트 해 보고 올리도록 하겠습니다.
감사합니다.

네 감사합니다. 저 주소에서 보니 ._ 이렇게 되어 있는 숨김파일 때문에 그런거 같은데, 지우려고 하니 모든 폴더에 다 생겨서 쉽지가 않더라고요.
최대한 할 수 있는 부분이 있다면 정말 좋을 듯 하네요.

감사합니다.

혹시 Mac에서 압축을 푸시고
FTP로 파일을 전체 선택해서 업로드 하시나요?
만일 그렇다면 다음과 같이 해서 설치해 보시겠어요?

1. 다운받은 파일명이 EB_1_3_2-basic3_v1_0_2-yc5_2_9_1.tar.gz 이라고 가정합니다.
2. 압축을 풀지 마시고 위 파일을 그대로 설치하고자 하는 서버의 홈디렉토리에 업로드합니다.
3. 쉘로 접속하셔서 압축을 풉니다.
    tar -xvzf EB_1_3_2-basic3_v1_0_2-yc5_2_9_1.tar.gz

이렇게 해도 숨김파일 (._*)이 생기는지 체크 부탁드립니다.
감사합니다.

서버에 압축파일을 올린상태에서 쉘로 접속 후 푸니 정상적으로 나옵니다.