답변이 늦었습니다.

/eyoom/head.php 파일 37~ 48라인의 소스를 수정하면 될 듯 싶습니다.
수정 전

	// 서브페이지 메뉴정보, 타이틀 및 Path 정보
	if(!defined('_INDEX_'))	{
		$subinfo = $thema->subpage_info($menu);
		if($subinfo['registed'] == 'y') $sidemenu = $thema->submenu_create($menu_flag);
	} else {
		// 팝업창  
		if($eyoom['use_gnu_newwin'] == 'n') {
			@include_once(EYOOM_CORE_PATH.'/newwin/newwin.inc.php');
		} else {
			@include_once(G5_BBS_PATH.'/newwin.inc.php');
		}
	}

수정 후

	// 서브페이지 메뉴정보, 타이틀 및 Path 정보
	if(!defined('_INDEX_'))	{
		$subinfo = $thema->subpage_info($menu);
		if($subinfo['registed'] == 'y') $sidemenu = $thema->submenu_create($menu_flag);
	}
	
	// 팝업창  
	if($eyoom['use_gnu_newwin'] == 'n') {
		@include_once(EYOOM_CORE_PATH.'/newwin/newwin.inc.php');
	} else {
		@include_once(G5_BBS_PATH.'/newwin.inc.php');
	}

이윰빌더의 원본소스를 수정하는 부분이라 향후 버전 패치하실 때 번거러울 수 있습니다.

직접 테스트해 본 것이 아닌데요.

적용해 보시고 문제점이 있다면 답변주시면 감사하겠습니다.

하루 마무리 잘 하세요.

답변 감사드립니다. 바로 적용해볼께요 ^^