/eyoom/classes/latest.class.php 파일 516줄을 아래에 소스를 살펴보시면,
bo_include  및 bo_exclude 관련 소스가 있습니다.
해당 옵션을 사용하시기 위해서는 bo_table를 지정하시면 안됩니다.

즉, bo_table를 옵션으로 지정하시면, bo_include 및 bo_exclude 옵션은 의미가 없어지므로 적용이 안되는 거예요.
직접 테스트해 보았으니, 상세히 살펴보시기 바랍니다.

	// 베스트 SET
	public function latest_bestset($skin,$option,$bo_table='') {
		global $tpl, $tpl_name;

		$opt = '';
		$optset = $this->option_query($option);
		$title = $optset['title'] ? $optset['title']:'';
		$_option['today'] = "best=y||period=1";
		$_option['week'] = "best=y||period=7";
		$_option['month'] = "best=y||period=30";

		$opt .= $optset['count'] ? "||count=".$optset['count']:"||count=10";
		$opt .= $optset['cut_subject'] ? "||cut_subject=".$optset['cut_subject']:"||cut_subject=30";
		if($bo_table) {
			$opt .= "||bo_table=".$bo_table;
		} else {
			$opt .= $optset['bo_include'] ? "||bo_include=".$optset['bo_include']:"";
			$opt .= $optset['bo_exclude'] ? "||bo_exclude=".$optset['bo_exclude']:"";
			$opt .= $optset['gr_id'] ? "||gr_id=".$optset['gr_id']:"";
		}
		$opt .= $optset['where'] ? "||where=".$optset['where']:"";

		$_option['today'] .= $opt;
		$_option['week'] .= $opt;
		$_option['month'] .= $opt;